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En République démocratique du Congo, la ligne de partage des eaux entre le fleuve Nil et le fleuve Congo est constituée de plusieurs éléments de relief, dont :

* Les monts Mitumba, qui s'étendent sur une distance d'environ 400 kilomètres, de la frontière entre l'Ouganda et la RDC, jusqu'à la ville de Kisangani. Ces monts, qui culminent à une altitude de 2 500 mètres, forment une barrière naturelle entre les bassins du Nil et du Congo.
* Les monts Bateke, qui s'étendent sur une distance d'environ 300 kilomètres, de la ville de Kisangani jusqu'à la frontière entre la RDC et le Soudan du Sud. Ces monts, qui culminent à une altitude de 1 200 mètres, forment également une barrière naturelle entre les deux bassins.
* La chaîne des monts Ruwenzori, qui s'étend sur une distance d'environ 100 kilomètres, de la frontière entre la RDC et l'Ouganda, jusqu'à la frontière entre la RDC et l'Ouganda et le Rwanda. Ces monts, qui culminent à une altitude de 5 109 mètres, sont les plus hauts sommets d'Afrique centrale. Ils constituent une barrière naturelle entre les bassins du Nil et du Congo, et jouent un rôle important dans le drainage des eaux de la région.

En plus de ces éléments de relief, la ligne de partage des eaux est également marquée par une série de rivières et de ruisseaux qui coulent dans des directions opposées. Ces cours d'eau drainent les eaux de la région vers les deux bassins.

Le lac Albert, qui se trouve dans l'est de la RDC, est le seul lac congolais qui se déverse dans le fleuve Nil. Il est alimenté par les eaux du Nil Victoria, qui viennent du lac Victoria, en Ouganda. Le lac Albert est également alimenté par les eaux du Nil Blanc, qui viennent du lac Tana, en Éthiopie.

La ligne de partage des eaux Congo-Nil est une zone importante de biodiversité. Elle abrite une grande variété de plantes et d'animaux, dont certains sont endémiques de la région.